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十三届全国人大四次会议通过的《中华人民共和国国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》明确提出，深入打好污染防治攻坚战，建立健全环境治理体系，推进精准、科学、依法、系统治污，协同推进减污降碳，不断改善水环境质量。
做好水生态环境保护工作，必须准确把握新发展阶段内涵，找准工作定位，科学谋划“十四五”目标任务。总体看来，对比“十三五”，“十四五”水生态环境持续改善的总体目标不变，内涵更加丰富和亲民。“十三五”关注的重要河湖水体不变，“十四五”任务更加艰巨。水环境治理力度不变，重点工程更注重生态修复。
新发展阶段是实现人与自然和谐共生的重要阶段。2018年全国生态环境保护工作会议强调，以改善生态环境质量为核心，为人民群众提供更多优质生态产品。正在开展的重点流域水生态环境保护“十四五”规划编制工作，从群众最关心、最期盼的事情做起，着力构建水资源、水生态、水环境“三水”统筹的规划指标体系。
水资源方面，以生态流量的保障为重点，力争在“有河有水”方面实现突破。确定了达到生态流量（水位）底线要求的河湖数量、恢复“有水”的河流数量两项指标。
; 水生态方面，以维护河湖生态功能需要为重点，力争在“有鱼有草”方面实现突破。确定了水生生物完整性指数、河湖生态缓冲带修复长度、湿地恢复（建设）面积、重现土著鱼类或水生植物的水体数量等4项指标。
水环境方面，有针对性地改善水环境质量，努力在“人水和谐”上实现突破。确定了地表水优良（达到或优于Ⅲ类）比例、劣Ⅴ类水体比例、水功能达标率、城市集中式饮用水水源达到或优于Ⅲ类比例、城市建成区黑臭水体控制比例等5项指标。其中恢复“有水”的河流数量、重现土著鱼类或水生植物的水体数量和城市建成区黑臭水体控制比例等3项亲民指标是老百姓能切实感受到的。
进入新发展阶段，需要构建流域统筹、区域协同的水生态环境治理体系。“十三五”污染防治力度加大，生态环境明显改善，水生态环境保护工作取得了新的历史性成就，全面建成小康社会生态环境目标任务高质量完成，“十三五”规划确定的地表水优良水质比例、劣Ⅴ类水体比例两项水生态环境约束性指标均超额完成。尽管“十三五”水环境质量明显改善，但与建设美丽中国的目标相比，水生态环境保护结构性、根源性、趋势性压力总体上尚未根本缓解，改善成效并不稳固，水生态环境保护形势依然严峻。“十四五”时期，要着力构建起河湖统领、“三水”统筹、四个“在哪里抓落实”的水生态环境保护工作体系，统筹水资源、水生态、水环境治理，实现“一河一策”，精准治污。
“十三五”时期，围绕促进实现流域水环境综合治理目标，重点实施城镇污水处理设施建设、城镇垃圾处理及配套等水污染防治工程，实现了水环境大幅改善。随着绿色发展理念深入落实，“十四五”时期水生态环境保护工作将在水环境治理的同时，更加注重水生态修复。
水环境方面，补齐污水治理基础设施短板，重点实施城镇污水处理设施改造、配套管网建设等工程。水资源方面，坚持节水优先，提升水源涵养和水土保持能力，推进河系连通，合理利用引调水，强化再生水循环利用，保障重点河湖生态水量。重点实施水系连通、人工湿地水质净化等工程。水生态方面，坚持保护优先、自然恢复为主，修复受损河湖水生态系统，增强水生态系统韧性，重点实施河湖生态缓冲带建设、河湖水生植被恢复等工程。
